La risposta n. 102/2026 affronta il coordinamento tra il Nuovo Patent Box e il credito d’imposta ricerca e sviluppo (R&S) quando le due agevolazioni insistono sui medesimi costi. Secondo l’amministrazione finanziaria se il contribuente decide di fruire del Nuovo Patent Box con riferimento a spese che hanno già concorso alla maturazione del credito R&S, deve procedere alla restituzione del credito già utilizzato. Il tema non riguarda solo l’an della restituzione, già ricavabile dalla circolare n. 5/E del 2023, ma soprattutto con quali modalità operative il credito debba essere riversato e in quale momento sorga l’obbligo di restituzione, specie quando il Patent Box produce una perdita fiscale o una variazione IRAP non utilizzabile.
Nello specifico, il caso esaminato riguarda una PMI innovativa sviluppatrice di una piattaforma software che, negli anni 2018 e 2019, ha beneficiato del credito d’imposta ricerca e sviluppo ex art. 3 D.L. 145/2013, proseguendo poi dal 2020 con il credito ricerca, sviluppo e innovazione di cui all’art. 1, commi 198 ss., L. 160/2019. La società intende, per i medesimi costi di sviluppo del software, optare nel modello Redditi SC 2026 per il Nuovo Patent Box di cui all’art. 6 D.L. 146/2021, avvalendosi del meccanismo premiale previsto dal comma 10-bis, sul presupposto che il software, essendo protetto da copyright e registrato presso il Pubblico Registro Software tenuto dalla SIAE, rientri tra i beni immateriali agevolabili. In questo contesto, l’istante pone tre quesiti: come debba essere effettuata in concreto la restituzione del credito R&S già fruito; se, ai fini IRES, il riversamento debba avvenire già nell’anno in cui la variazione Patent Box è indicata in dichiarazione oppure solo quando la perdita fiscale viene effettivamente utilizzata negli esercizi successivi; e, infine, se ai fini IRAP la restituzione debba riguardare anche la quota di agevolazione che, per incapienza della base imponibile, non può essere di fatto fruita.
L’Agenzia risponde anzitutto al primo quesito condividendo la soluzione prospettata dalla società: la restituzione del credito R&S deve essere eseguita tramite modello F24, utilizzando il medesimo codice tributo e il medesimo anno di riferimento impiegati in sede di originaria compensazione, ma esponendo l’importo tra gli "importi a debito versati". Si tratta di un chiarimento pratico importante, perché colma una lacuna operativa non espressamente disciplinata dalla normativa sul Nuovo Patent Box e dà continuità al meccanismo di recapture ricostruito dalla prassi.
Più incisiva è la risposta al secondo quesito. L’istante proponeva una lettura "sostanzialistica", secondo cui l’obbligo di restituzione dovrebbe sorgere solo quando il beneficio Patent Box si traduce in un vantaggio fiscale effettivo, e quindi, in presenza di una perdita riportabile, nel momento in cui tale perdita viene effettivamente utilizzata in compensazione del reddito imponibile dei periodi successivi. L’Agenzia respinge questa impostazione. Secondo la risposta, la restituzione del credito R&S deve avvenire dal periodo d’imposta in cui viene applicato il meccanismo premiale del Nuovo Patent Box, cioè dal periodo in cui il software è registrato presso il Pubblico Registro Software della SIAE e la relativa variazione in diminuzione viene indicata in dichiarazione. Il momento rilevante, dunque, non è quello dell’effettiva fruizione economica del beneficio, ma quello della sua emersione dichiarativa. Da ciò discende che, anche se la variazione in diminuzione genera o incrementa una perdita fiscale riportabile ai sensi dell’art. 84 TUIR, il riversamento del credito R&S non è differito agli esercizi futuri ma deve essere eseguito subito, nel caso di specie entro il 30 giugno 2026, termine per il versamento del saldo IRES 2025.
Lo stesso criterio viene esteso anche al terzo quesito, relativo all’IRAP. Qui la società sosteneva che, non essendo ammesso alcun meccanismo di carry forward del valore della produzione netta negativa, la quota di agevolazione Patent Box non concretamente utilizzabile ai fini IRAP non dovrebbe determinare alcun obbligo di recapture del credito R&S, perché il cumulo tra le due agevolazioni resterebbe solo teorico e non si tradurrebbe in un vantaggio effettivo. Anche su questo punto l’Agenzia assume una posizione rigorosa: pur riconoscendo che il sistema IRAP non consente il riporto in avanti di una base imponibile negativa, ritiene che la restituzione del credito debba comunque essere effettuata anche per la componente di agevolazione riferibile alla variazione in diminuzione IRAP, a prescindere dalla concreta fruizione del beneficio. In altri termini, il recapture non è subordinato all’utilizzo effettivo dell’agevolazione, ma alla sua rilevanza nel periodo d’imposta in cui il Patent Box viene esercitato.
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